Tallinna vanalinna lõunaosas, keskaegse turuplatsi ja Toompea paekõrgendiku vahel, seisab Niguliste kirik. Endises pühakojas asub tänapäeval Niguliste muuseum, üks Eesti Kunstimuuseumi filiaalidest. Siinne kesk- ja varauusaegse kirikukunsti ekspositsioon on kõige olulisem ja suurem vanema sakraalkunsti kollektsioon Eestis. 1919. aastal asutatud Eesti Kunstimuuseumi kogu on kujunenud ligi sajandi vältel ning suur osa vanemast kirikukunstist on muuseumi kollektsiooni jõudnud 1920.–1930. aastatel. Pärast Teist maailmasõda liideti muuseumi varadega sakraalkunsti teoseid teistest Eesti muuseumitest ja pühakodadest, kuid enamik Nigulistes näha olevast pärinebki Niguliste kirikust.
Niguliste muuseum on üks väheseid Põhja-Euroopa muuseume, mis asub endises sakraalhoones ning kus saab kirikukunsti nautida selle ajaloolises kontekstis. Kogu keskmeks on hiliskeskaegsed altariretaablid ja puuskulptuurid. Kõige tuntumaks muuseumis olevaks teoseks on Bernt Notke maalitud „Surmatants" 15. sajandi lõpust. Suure osa Niguliste väljapanekust moodustab reformatsioonijärgne kirikukunst 16.–17. sajandist. Muuseumis näeb ka kiriku ajaloolist lühtritekogu ning kesk- ja varauusaegseid hauaplaate. 2001. aastal avatud Hõbedakambris asub valik Eesti Kunstimuuseumi hõbedakogust, mille tähelepanuväärsema osa moodustab Tallinna gildide ja Mustpeade vennaskonna hõbevara.